El 13 de marzo de 1996 completó 100 partidos con la camiseta de la Universidad de Chile. El 30 de septiembre de 1996 anota su primer gol con la camiseta de River Plate en el clásico ante Boca Juniors en el estadio La Bombonera. Más tarde, las grandes actuaciones en la Universidad de Chile y en la selección chilena atrajo a varios clubes extranjeros, entre ellos Boca Juniors y River Plate. Destacó durante las décadas de 1990 y 2000 en clubes importantes como Universidad de Chile, River Plate, Lazio y Juventus. En el plano deportivo el equipo «bávaro» mantiene una rivalidad con varios clubes. En el plano deportivo se recompuso el equipo tras la crisis de la guerra y se acabaron conquistando tres ligas españolas, una Copa de España y dos Copas Eva Duarte. En tres temporadas dejó en claro su calidad goleadora, convirtiendo 76 goles. Eric Wynalda fue el máximo anotador del equipo en aquella copa con tres goles.
Máximo goleador de Universidad de Chile en Copa Libertadores temporada 1996 con 5 goles. Máximo goleador de Universidad de Chile en Copa Libertadores temporada 1995 con 5 goles. Séptimo máximo goleador en la historia de Universidad de Chile en Copa Chile con 14 goles. La siguiente tabla detalla los encuentros disputados y los goles marcados por Salas en la selección chilena absoluta. Considerado uno de los mejores debut en la Selección Chilena de Fútbol anotando su primer gol a los ocho minutos, habiendo ingresado en el minuto 66 de partido, en el empate 3-3 frente a la Selección de Argentina. Otra de las canciones conocidas fue «25 millones de argentinos», compuesta por Martín Darré, la cual fue más popular en la Argentina. El cuarto árbitro además indica las sustituciones y el aumento del tiempo reglamentario. El día 28 de noviembre de 2008 anunció su retiro del fútbol profesional luego del partido del 23 de noviembre donde la Universidad de Chile venció a Cobreloa por 3-2, con dos goles del Matador en el Estadio Nacional. Máximo goleador de la Selección Chilena en fase de grupos de una Copa del Mundo, con 3 goles en 3 partidos (Dos a Italia y Austria) 100% de efectividad.
Máximo goleador histórico de la Selección Chilena (absoluta y olímpica) con 45 goles en 77 partidos oficiales, con un promedio de 0,58 goles por partido. Máximo goleador en la historia de Universidad de Chile en Copa Libertadores con 10 goles. Único futbolista chileno en la historia en integrar el equipo ideal de una fase de grupos en una Copa del Mundo. Uno de los 20 máximos goleadores históricos Sudamericanos en Copas del Mundo del siglo XX. Posee el récord de ser uno de los jugadores sudamericanos en anotar en 4 Clasificatorias Sudamericanas consecutivas camino a los Mundiales. Además, es uno de los pocos jugadores extranjeros que portaron la cinta de capitán del equipo argentino. Jugadores destacados de esta campaña fueron, entre otros, René Meléndez, Juvenal Soto, Jaime Salamanca. Un plantel que, entre otros, incluía a Fernando Cavenaghi, Javier Mascherano, Lucho González, Maxi López, Franco Costanzo, Marcelo Gallardo y el mismo Daniel Montenegro.
Marcelo Salas es uno de los máximos ídolos de la hinchada millonaria, junto a Ángel Labruna, Enzo Francescoli, Ariel Ortega , Ramón Ángel Díaz, Norberto Alonso, Ubaldo Fillol, Amadeo Carrizo, equipacion chelsea entre otros. Entre los años 2004 y 2005 recibió ofertas para volver al fútbol europeo de parte del Barcelona de España y el Inter de Milán de Italia, entre otros. «Explicación del proceso de legalización de un club de fútbol en España a través del ejemplo del F. C. Barcelona». El 2 de junio del 2009 se despide del fútbol, teniendo sólo 34 años de edad, en un partido jugado en el Estadio Nacional. Su despedida oficial tuvo lugar el 2 de junio de 2009 en un partido de homenaje celebrado en el Estadio Nacional de Chile, ante 70 mil espectadores. En septiembre de 2004, después de un partido de fútbol entre Grecia y Albania en Tirana (en el que Grecia perdió 2-1), inmigrantes albaneses residentes en Grecia salieron en las calles de Atenas y otras ciudades para celebrar la victoria.